Süper Lig’de daha önce rakibiyle 8 kez karşılaşan Yeni Malatyaspor, İstanbul temsilcisiyle bir kez de Türkiye Kupası’nda karşı karşıya geldi. Fenerbahçe ile ilk kez 2010-11 sezonunda Türkiye Kupası’nda karşılaşırken Malatya’da oynanan karşılaşmayı sarı kırmızılılar 2-1 kazandı. Ligdeki 8 karşılaşmanın 2’sini Yeni Malatyaspor, 4’dünü Fenerbahçe kazanırken 2 maç beraberlikle sonuçlandı.

2017-18 sezonunun ilk yarısında İstanbul’da oynanan maçı 3-1 kazanan Fenerbahçe, Malatya’daki maçtan da 2-0 galip ayrıldı.
2018-19 sezonunda Yeni Malatyaspor evindeki maçta rakibini 1-0 mağlup ederken, deplasmandaki müsabakadan 3-2 yenik ayrıldı.

2019-20 sezonunun Malatya’daki müsabaka golsüz eşitlikle tamamlandı. Ligin ikinci yarısında İstanbul’da oynanan karşılaşmayı Fenerbahçe 3-2 kazandı.

2020-21 sezonunda Yeni Malatyaspor, Kadıköy’de rakibine soğuk duş etkisi yaratacak bir skorla 3-0 yenerek sürprize imza attı. Geçen sezonun ikinci yarısında Malatya’daki müsabaka ise 1-1 eşitlikle tamamlandı.